发热待查最常见的病因是感染性疾病，感染源多为各类致病微生物。在我国结核病已成为感染性发热的主要原因，尤其是肺外结核，发热可能是唯一的临床表现。目前，临床上还没有很理想的检查可确诊肺外结核。因此，临床上不得不根据试验性抗结核治疗的疗效来评估患者是否由于肺外结核引起的发热。有时，患者可能产生“怎么拿我做试验”的误解，而实际上试验性抗结核治疗是诊断不明原因发热的一个手段，不是拿病人做试验。
病毒感染也可以引起长程发热，如巨细胞病毒、EB病毒感染等，常见于年轻人。临床表现是上呼吸道感染后遗留长期的低热，白细胞降低。检测血中的CMV抗体、EB病毒抗体和病毒特异的DNA，就能够确诊。
非感染性疾病也可以引起发热，如风湿类疾病、淋巴瘤等恶性肿瘤。
遗憾的是，有时经过仔细询问病史和反复周密的检查，仍有10%左右的患者不能明确诊断，还需要长时间的动态观察，必要时还要重复检查。
